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在机场检疫和日本国内确认了由新型冠状病毒变异株引起的感染，变异株所占的比例正在增加。有人指出，变异株也被称为变异病毒，由于以前株所拥有的遗传信息发生变化，感染力增加，病原性变强，因此容易重症化，疫苗可能难以起效。所有感染者都是包括无症状的住院对象。

通常のＰＣＲ検査では、ウイルスのゲノムのうち、あまり変異が入りにくいタンパク質の遺伝子を検出します。しかし英国型（VOC-202012/01変異株）や南アフリカ型（501Y.V2変異株）、ブラジル型（501Y.V3変異株）で変異が入っている箇所は、ウイルスが細胞に感染（侵入）するときに機能するスパイクタンパク質の遺伝子で、通常のPCR検査では判別できません。英国型、南アフリカ型、ブラジル型では共通して「N501Y」という遺伝子が変異しており、従来株よりも感染力が増している可能性が指摘されています。

変異株ＰＣＲ検査（試薬）は、N501Y変異部位を識別することで従来株か変異株かを判定します。この検査は、全国の地方衛生研究所などを中心に行われており、実施できているのは陽性者のうちの約5〜10％とされます。国は変異株PCR検査を早期に約40%に引き上げる方針を打ち出していますが、そのためには、民間の検査会社の協力が不可欠とされます。

厚生労働省　新型コロナウイルス感染症（変異株）への対応を参考に作図

N501Y変異陽性となった場合にはゲノム解析を行い、国立感染症研究所の確認のもとで英国型、南アフリカ型、ブラジル型のタイプを決定します。また、N501Y変異陰性の検体についてもゲノム解析が行われており、免疫やワクチンの効果を低下させる可能性があるE484K変異が新たに確認されています。　

专家指出，国家向民间检查公司提出了指导方针，要求对在通常的PCR检查中呈阳性的检体追加实施变异株检查，在民间检查中发现变异株呈阳性的情况下，构筑向保健所等迅速报告的系统等，不仅要调查变异株的检查频度，还要制定防止感染扩大的对策。